สภาตำบลขอนคลานจัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติสภาตำบลและองค์การบริหารส่วนตำบล พ.ศ. 2537 ซึ่งได้ยกระดับจากสภาตำบลเป็นองค์การบริการส่วนตำบล ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย เรื่อง จัดตั้งองค์การบริหารส่วนตำบล ประกาศ ณ วันที่ 11 สิงหาคม พ.ศ. 2542 ลำดับที่ 289 และคณะกรรมการพนักงานส่วนตำบลจังหวัดสตูล (ก.อบต.จังหวัดสตูล) ได้ดำเนินการประเมินการขอปรับขนาดองค์การบริหารส่วนตำบลขอนคลาน เมื่อวันที่ 23 เดือน สิงหาคม พ.ศ. 2554 และได้มีมติเห็นชอบผลการประเมินดังกล่าวฯ ในการประชุมครั้งที่ 8/2554 เมื่อวันที่ 29 เดือน สิงหาคม พ.ศ. 2554 ปรับขนาดองค์การบริหารส่วนตำบลขอนคลาน จากองค์การบริหารส่วนตำบลขนาดเล็กเป็นขนาดกลาง โดยองค์การบริหารส่วนตำบลขอนคลาน ได้ประกาศการปรับขนาดให้มีผลตั้งแต่วันที่ 7 เดือน กันยายน พ.ศ. 2554